Estudió cinematografía en el Centro Universitario de Estudios Cinematográficos de la Universidad Nacional Autónoma de México y enseñanza artística en artes plásticas en el Instituto Nacional de Bellas Artes. A principios de los años ochenta fundó, con Lourdes Almeida y Gerardo Suter, el Taller de la Luz, espacio de experimentación que rompió con el canon de la época al apartarse de la fotografía documental.

A lo largo de más de 40 años de carrera profesional, Hinojosa ha trabajado con distintos modos de producción e impresión, desde técnicas experimentales como el esgrafiado y la intervención de negativos o el collage y la composición múltiple -como en las series por las cuales obtuvo mención y premio de adquisición en la Bienal de Fotografía de l980 y la de 1984, respectivamente- hasta sus recientes búsquedas con heliograbado y transferencia de carbón y cianotipia sobre materiales como vidrio y aluminio, y aplicación de hoja de oro y plata sobre acetato y vidrio. También ha producido obra en platino, goma bicromatada, calitipia y papel salado, sin dejar de lado las tecnologías digitales contemporáneas, siendo pionero en el país en el uso de las tintas de carbón en las impresiones digitales (piezografía).  

En 1998, formó parte del equipo del proyecto “La pintura mural prehispánica en México” (IIE-UNAM), coordinado por la Doctora Beatriz de la Fuente, y desde entonces  recorre el país, a la manera de los antiguos expedicionarios, fotografiando la arquitectura prehispánica; así, ha conformado un extenso catálogo, impreso en técnicas variadas, que ha viajado por el  mundo en distintas exposiciones. En este amplio registro de zonas arqueológicas destaca su colección Espacios de la Memoria, conformada por cinco libros que compendian su visión personal del México antiguo, y el volumen Sacbé, editado por el Museo de Arte Precolombino e Indígena del Uruguay (2017), en el cual sus imágenes fueron intervenidas por 25 escritores de aquel país sudamericano. En este mismo tema, se integró al equipo de la serie televisiva Piedras que hablan (INAH/Canal 22, 2013), conducida por el escritor Juan Villoro. 

De 2001 a la fecha, ha desarrollado el proyecto Estaciones, registro de áreas protegidas de América Latina, al tiempo que experimenta con diversas técnicas de impresión e incorpora a su producción lenguajes alternativos como el video y la instalación. Además, ha gestionado y coordinado distintos proyectos fotográficos colectivos en torno al cuidado de la naturaleza, como “Arte para la Selva”, “Códice Lacandonia” y “La huella del Jaguar”, entre otros, y ha publicado varios libros como parte de este proyecto fotográfico: Estaciones (Casa América Catalunya/Editorial RM, 2009), Hoja de Ruta (edición de autor, 2016), In Situ (Terreno Baldío Arte, 2017) y Javier Hinojosa (Secretaría de Cultura de México, 2017).

También ha producido diversos libros de artista en ediciones limitadas, entre los que destacan Fata Morgana, Lunas del Desierto, Calakmul, Celestún (mención honorífica en la Feria internacional del Libro de Artista. Centro de la imagen, 2011), Aymara, Migraciones, Trayectos, Apuntes: Blossfeldtfilia, Voces del Nilo, Holbox, Uyuni, entre otros, todos ellos como parte de su serie Cuadernos del Insomnio.

Su obra ha sido exhibida en más de 80 exposiciones individuales en museos y galerías de Latinoamérica, Estados Unidos, Europa, Asia, África y Oceanía, y forma parte de colecciones como la del Museo Universitario Arte Contemporáneo (MUAC), la de la Fundación Televisa, la del Museo de Arte Precolombino e Indígena de Montevideo, las del INAH y el INBA, así como de importantes acervos particulares de América y Europa.

En el campo de la enseñanza, fue maestro de tiempo completo en la Escuela de Diseño del INBA, ha planeado y coordinado diplomados de titulación para la Facultad de Artes y Diseño de la UNAM e impartido talleres y diplomados sobre fotografía y naturaleza, así como de impresión digital fina, en distintas instituciones de México, Bolivia, Chile, Uruguay y República Dominicana. También, ha dictado conferencias en la India, Egipto, Estados Unidos, Argentina, Uruguay, México e Italia. Actualmente es maestro de asignatura en la Escuela Nacional de Conservación y Restauración del INAH.

Paralelamente a su desempeño en la fotografía artística, desde los años ochenta se ha dedicado a la fotografía editorial y ha participado en más de 300 publicaciones sobre el arte, la cultura y la naturaleza de México. Es autor fotográfico de destacadas publicaciones y catálogos para distintos museos e instituciones públicas y privadas del ámbito cultural de México y el extranjero, como el INAH, el INBA, la UNAM, el Centro Cultural Arte Contemporáneo, el Museo Soumaya, el Museo Frida Kahlo, la Fundación Bancomer, el Museo Reina Sofía en Madrid, el Museo del Condado de Los Ángeles, y la National Gallery y el Victoria & Albert Museum de Londres, entre otros.  

Javier Hinojosa es miembro del Sistema Nacional de Creadores de Arte y forma parte del consejo de la organización conservacionista Espacios Naturales y Desarrollo Sustentable, A.C.

En 2018 recibió la Medalla al Mérito Fotográfico otorgada por el Instituto Nacional de Antropología e Historia.

En 2021 recibe el reconocimiento por su trayectoria del Festival Internacional de la Imagen organizado por la Universidad Autónoma de Hidalgo. México.